במלחמת יום הכיפורים הייתה אסתי, אחותו של אלי, בהיריון מתקדם, ואלי מקווה שהמלחמה תסתיים לפני הולדת התינוק. הוא מעדכן את אחותו וגיסו שהפלוגה שלו עלתה לצפון, אך מרגיע אותם שהכול בסדר ושגם על הקור העז הוא מתגבר.
אלי הקר התגייס לצה"ל בפברואר 1973, וכאשר פרצה המלחמה היה חניך בקורס מכ"ים של גולני, בפלוגה א' בגדוד 17. הפלוגה הייתה אמורה לצאת לחופשה, אך נשארה בבסיס לצורך תגבור הכוחות בחרמון. בתחילת המלחמה הוטסה הפלוגה לסיני (שארם א־שיח') כדי לסייע בקרבות נגד הקומנדו המצרי, ולאחר כשבוע עלתה לצפון רמת הגולן לקרבות שהתנהלו בגזרה הצפונית. ב־22.10.73 השתתפה הפלוגה של אלי בכיבוש החרמון מידי הקומנדו הסורי, ככוח עתודה לגדוד 51 ולסיירת גולני. לדברי אלי, הוא וחבריו היו הראשונים שהגיעו למוצב והניפו עליו את דגל ישראל.